Yo creo que si generas una factura errónea y para corregirla generas una rectificativa, aunque el resultado sea 0 debes enviarla al cliente. Eso es lo "raro" frente a anular como comenta keys.
Pensad que habrá un momento en que todas las facturas, tanto de emisor como de receptor, tendrán que ser enviadas (y es de suponer que la hacienda correspondiente las cruzará).
El cliente estará recibiendo una factura errónea, una rectificativa de la factura errónea y además le estará obligando a introducirlas ambas en su sistema (y a enviarlas -en un futuro-) puesto que son facturas que están registradas en la administración por el emisor.
No se si me explico...
De todas formas son casos muy puntuales, a no ser que alguien se equivoque mucho generando facturas. Cosa que a lo mejor es sospechosa por otros temas...
