Si reside en España, tendrá que identificarse con un NIE (Número de Identificación de Extranjero).
Tiene el mismo formato que el NIF.
De lo contrario no puede residir en España y habría que tratarlo como portugués.
En todo caso, el campo "CodigoPais" hace referenica al documento.
Si reside en España, tendrá un NIE y se lo tratara como español
<NIF>: NNNNN
Si presenta un NIF-IVA (IVA Intracomunitario)
<IDOtro>
<CodigoPais>: PT
<IDType>: 02
<ID>: PTNNNNNNNNN
Si presenta un pasaporte portugués
<IDOtro>
<CodigoPais>: PT
<IDType>: 03
<ID>: NNNNN
Si presenta un Documento nacional de identidad portugués
<IDOtro>
<CodigoPais>: PT
<IDType>: 04
<ID>: NNNNN
En el caso del cerificado de residencia, entiendo que lo expide España, por lo que debería ser:
<IDOtro>
<CodigoPais>: ES
<IDType>: 05
<ID>: NNNNN