Eso es sencillo, hay diversas formas, por ejemplo, llamas a un script php en el servidor pasándole la imagen que quieres subir.
Código PHP:
<?php
// Recogemos el archivo enviado por el formulario
$filefirma = $_FILES['filefirma']['name'];
$temp = $_FILES['filefirma']['tmp_name'];
// parámetro del subdirectorio de firmas, debe terminar con la barra /
$subdir = trim($_REQUEST['subdir']);
// y guardamos la firma.
move_uploaded_file($temp, $subdir . $filefirma);
?>