Para modificar el registro de windows yo hago esto
Código Delphi
[-]
var
sKey : string;
reg : TRegIniFile;
begin
reg.WriteInteger('Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer'+sKey+#0,'NoRun',1);
reg.Free;
end;
Con esto elimino el Ejecutar del inicio. Deberias examinar el registro donde predetermina con que prg abre tal archivo
Saludos