Hola.
Pues no sé cual es la diferencia entre las dos versiones. Aunque te recomiendo utilizar los enlaces de descarge de IBPhoenix, en lugar de acceder directamente a las descargas en sourceforge.
http://www.ibphoenix.com/main.nfs?a=...bp_download_15
Como puedes ver, el instalador oficial para Windows es el primero que has citado. No sé si el segundo es mayor porqué quizá incorpore las fuentes de Firebird, o quizá incorpore información y código de depuración.
Repecto a la versión embedded para .NET funciona perfectamente, aunque no lo he probado ya hace tiempo que se incorporó su soporte al driver .NET.
Saludos.