El "
EMS Firebird&Interbase Manager" te genera un script con las diferencias entre dos bases de datos automaticamente.
http://www.ems-hitech.com/ibmanager/index.phtml
Tambien tienen un producto mas sencillo que hace solamente esa función:
EMS IB Database Comparer
http://www.clubdelphi.com/foros/newreply.php?do=newreply&noquote=1&p=69368
Las dos son aplicaciones de pago.