Cita:
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La base de datos tiene en estos momentos 48760 usuarios diferentes (48761 archivos de fotos, pues hay uno que se llama 'nofoto.jpg')
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El número de Registros es pequeño para que vaya lenta, supongo que alguna vez la habrás compactado, con lo cual mejora bastante el rendimiento.
Por otra parte, 48761 Registros en una carpeta ahí igual puede estar el problema de la lentitud, lo que tarda quizás es en encontrar la foto, yo haría una prueba con 1.000 fotos solamente, si mejora muchísimo el rendimiento, entonces pondría un campo autoincremento sino lo tiene la tabla, y crearía 10 ó más carpeta si fueran necesarias, repartiendo las fotos en estas, de acuerdo al número ID de la tabla.
\fotos - Sería la carpeta genérica y luego con un simple If contra el ID, el camino quedaría \fotos\5000 - \fotos\10000.......
Es decir el famoso método divide y vencerás.
Si haces la prueba y te da resultados, nos comunicas.
Un Saludo.