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Significa básicamente que el motor de base de datos correrá encajado dentro del mismo proceso que la aplicación, y no en un proceso distinto mucho menos en un otro equipo de la red, que sería lo usual.
Ventajas y desventajas las hay, claro...
Un mismo estilo de programación para desarrollar desde aplicaciones pequeñas (con el motor embedded) hasta aplicaciones corporativas (con servidores ultra potentes) es una ventaja, además de la potencia de Firebird u otro motor metido dentro de tu mini aplicacion puede ser un plus.
Desventajas?
Si una aplicación usa el embedded server, no puede ser multiusuario, cosa que se resuelve en menos que canta un gallo, usando un servidor normal.
Saludos.
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