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Quizá lo que voy a decir no es del todo cierto pues ya no me acuerdo bien.
Con alguna versión antigua de MySql y de phpMyAdmin me sucedía lo mismo cuando trataba de editar un registro de una consulta en la que no se especificaba la llave primaria de la tabla (o la tabla no tenía llave primaria).
phpMyAdmin, al no disponer de la llave primaria, generaba la cláusula WHERE basándose en todos los campos presentes y por alguna razón, quizá por el juego de caracteres usado, daba la impresión de no encontrar el registro y en su lugar lo insertaba.
Claro que esto o era un "bug" o una "funcionalidad" de MySql al trocar un UPDATE por un INSERT.
Por otra parte sería bueno que nos indicaras qué componentes usas para acceder a MySql.
// Saludos
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