Hola,
¿Probaste con el "asistente" conque cuenta
InnoSetup? Utilizándolo, y, aunque sea a modo de ejemplo, puedes determinar que se creen las instrucciones oportunas para llevar a cabo lo que planteas.
Además el programa
InnoSetup incluye unos cuantos ejemplos y un completo archivo de ayuda que describe cada una de sus posibilidades.
Hay también ciertas
herramientas de terceros que proporcionan a
InnoSetup una "interfaz" de usuario completamente "visual".
Espero haberte ayudado.