Creo que por mucho que tengas un indice no sirve de nada al hacer la consulta sobre un SP, ya que no la haces directamente sobre la tabla, sino que lo haces sobre un conjunto de datos resultado de la consulta del SP.
Por otra parte, creo q no vas a conseguir nunca la misma eficiencia haciendo un select de un SP con una clausula Where, como si pusieras la condicion Where dentro del SP.
Otra posibilidad, si el conjunto de datos resultado no es muy grande, sería traerte todos los datos al cliente y filtrarlos una vez lo tienes allí.
Saludos.
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