Opino que.... ¿cual es la duda?
Lo que no explicas es como haces la conversion de un albaran a una factura. En principio serán 2 tablas más, Cabecera_Factura y Detalle_Factura. En la primera guardas, el cliente, la fecha, el % de iva, etc; en la segunda guardas el ID_factura, ID_Albaran, concepto y posiblemente la base imponible de ese albaran.
Si tu consulta de clientes, está ordenado además por idCliente y Porcentaje_de_iva, simplemente será un par de bucles (como bien has dicho) insertando en la tabla factura, y detalle_factura.
Nota: El albaran deberá tener un campo llamado Factura nº: de tal forma que si ese campo es distinto de nulo, no deje editarlo.
Un saludo