Bueno ahora me devuelve un error estándar el WS con un mensaje "AEAT Errores técnicos" sin especificar qué está mal pero supongo que ya daré con ello
Edit: Ya está, se me olvidó añadir el "<transport clientCredentialType="Certificate" />" en el Config para el WS de facturas recibidas, sólo lo tenia en el de emitidas.