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Aparte de todo, yo diria que meter hilos en si mismo es un problema. Un algoritmo secuencial deberia ser rapido antes de pensar en ponerlo paralelo (ademas que es poco comun que se usen hilos correctamente).
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Una optimizacion obvia si la idea es marcar que filas estan o no seleccionadas es reaccionar al evento de "seleccion/des-seleccion" de forma directa y actualizar el array, no al final en batch. Esto deberia SUSTANCIALMENTE reducir los tiempos.
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