Partiendo de que lo que falta es lo que dices pues deberia ser asi:
Código SQL
[-]
'Select E.Cod_Inst, E.Nom_Inst
From Municipios as M, Colegios as E
Where M.Cod_Municipio = E.Cod_Mun and E.Cod_Mun = "'+CodMunicipio.Text+'"
Order by Cod_Inst'
O tambien puedes usar parametros.
Asi:
Código SQL
[-]
'Select E.Cod_Inst, E.Nom_Inst
From Municipios as M, Colegios as E
Where M.Cod_Municipio = E.Cod_Mun and E.Cod_Mun = :Cod_mun
Order by Cod_Inst'
Configurarlo en la propiedad params como String y luego pasarle el valor del parametro al TQuery asi:
Código Delphi
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Query1.ParamByName('Cod_mun').AsString := CodMunicipio.Text;