Hola!
No se me ocurre que te puede estar pasando, supongo que será alguna tontería. Podrias quitarlo (el MySQL) completamente (que no se te quede ningún .ini por ahí) y volver a instalarlo, pero leyendo atentamente las instrucciones.
Aunque yo en tu lugar, lo que haría es ponerme un linux, y en el proceso de instalación (de linux) elejir los paquetes apache, php y mysql (tambien pondría ftp, openssh y webmin) y entonces podria usar delphi+zeos desde la maquina windows para manejar el MySQL en la maquina linux.
Esto, aunque parezca mas dificl, en realidad es mas fácil que andar calentandote la cabeza y tomando disgustos con el mysql bajo windows.
Si no tienes una segunda maquina (un 486 viejo te valdría) para ponerte un linux, puedes instalar linux en un
vmware puesto en Windows, opción muchisimo mejor que el ponerte mysql directamente en windows.
Asi, ademas practicas con el Linux, que para esas cosas (web server, php, mysql, etc) es mucho mejor que Windows, de hecho es para lo único que sirve, jeje.
¡saludos!