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En principio, aunque no lo he probado, no debería de haber problemas con programas ejecutados por otro usuario. El listado de procesos se hace con los parámetros PROCESS_QUERY_INFORMATION y PROCESS_VM_READ, así que no deberíamos tener problemas para ver los procesos de otros usuarios. Otra cosa seria, en el segundo método, a la hora de comparar los dos archivos, si uno de ellos se encuentra en una carpeta privada (Mis documentos, por ejemplo), el programa no puede acceder a el para realizar la comparacion.
Si me indicas como lo estas probando, cual de los 2 métodos estas usando y que error te da, intentare mirar que puede estar pasando.
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