Que tal.
Una opción es el software OpenERP (ahora se llama Odoo
https://www.odoo.com/), tiene un módulo de contabilidad y algunos otros. Existe una versión para México que incluye la generación de CFDI's
https://launchpad.net/openerp-mexico-localization
Algunas referencias:
http://openerp.com.mx/
http://www.alcancelibre.org/staticpa...p/como-openerp
Espero te sea de utilidad.
Saludos.