De hecho yo no conocía una versión instalable de MySql como no sea alguna de terceros.
Sin embargo quizá te sirva saber que MySql espera que las bases de datos estén en C:\MySql\data y si se cambian de lugar entonces se le debe indicar en el archivo my.ini:
Cita:
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Empezado por my.ini
[mysqld]
datadir = otra ruta
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así que una vez terminada la instalación de MySql podrías mirar ese archivo para saber en cuál quedó.
El problema con la instalación manual es que lo normal en Windows XP /2000 / NT es instalar MySql como servicio cosa que no se puede muy bien en Windows 9x. Pro todo esto está muy bien explicado en el manual de MySql.
// Saludos