De hecho tienes razon roman
ya que apache es solo un modulo de PHP yo utilizo acceso a otros directorios fuera de /var/www/ por ejemplo /home/usuario/ por mi propia comodidad, la unica diferencia es que esa carpeta la tengo abierta a un VHOST que me lo direcciona a
http://dominio/usuario/ 
apache no puede ír más alla de donde tengo indicado el link virtual asi tenga permisos en home solo me redirecciona la hasta /home/usuario