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Mi granito de arenta:

Un simple log puede ser un procedimiento como este:
Código Delphi [-]
procedure TDMMain.Log(s: string);
var
  F : TextFile;
  FileName : string;
begin
  FileName := ChangeFileExt(Application.ExeName, '.log');
  AssignFile(F, FileName);
  try
     Append(F);
  except
     try
        Rewrite(F);
     except
        on e: Exception do
           ShowMessage('Error al abrir fichero : ' + FileName + #13#10 + e.Message);
     end;
  end;
  WriteLn(F, FormatDatetime('[yyyy-mm-dd hh:nn:ss.zzz] ', Now) + s);
  CloseFile(F);
end;

Prueba el bulce principal sin hacer nada y ves cuanto tarda.
Código Delphi [-]
with sqnominadetalle do
  begin
    close;
    SQL.Clear;
    SQL.Add('SELECT * FROM a2NominaDetalle');
    ExecSQL;
    sqnominadetalle.First;
    while not sqnominadetalle.Eof do
    begin
      Log(sqnominadetalle.FieldByName('FNM_INTEGRANTE').AsString);

      sqnominadetalle.Next;
    end;
  end;
Si es algo lógico (segundos), agregas la validación:
Código Delphi [-]
with sqnominadetalle do
  begin
    close;
    SQL.Clear;
    SQL.Add('SELECT * FROM a2NominaDetalle');
    ExecSQL;
    sqnominadetalle.First;
    while not sqnominadetalle.Eof do
    begin
      Log(sqnominadetalle.FieldByName('FNM_INTEGRANTE').AsString);
      
      cedintegrante := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_INTEGRANTE').AsString;
      codconstante := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_CONSTANTE').AsString;
      fnmtipo := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_TIPO').AsInteger;
      fnmvalorperiodo := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_VALORPERIODO').AsCurrency;
      fnmvalordefault := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_VALORDEFECTO').AsCurrency;
      fnmdescripcion := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_DESCRIPCIONPERIODO').AsString;
      with sqverificardetalle do
      begin
        close;
        ParamByName('PINTEGRANTE').AsString := cedintegrante;
        ParamByName('PCONSTANTE').AsString := codconstante;
        ExecSQL;
        close;
      end;
      // ShowMessage('Net');
      sqnominadetalle.Next;
    end;
  end;
Si sigue siente un tiempo lógico, prueba agregando le update.
Código Delphi [-]
with sqnominadetalle do
  begin
    close;
    SQL.Clear;
    SQL.Add('SELECT * FROM a2NominaDetalle');
    ExecSQL;
    sqnominadetalle.First;
    while not sqnominadetalle.Eof do
    begin
      Log(sqnominadetalle.FieldByName('FNM_INTEGRANTE').AsString);
      
      cedintegrante := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_INTEGRANTE').AsString;
      codconstante := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_CONSTANTE').AsString;
      fnmtipo := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_TIPO').AsInteger;
      fnmvalorperiodo := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_VALORPERIODO').AsCurrency;
      fnmvalordefault := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_VALORDEFECTO').AsCurrency;
      fnmdescripcion := sqnominadetalle.FieldByName('FNM_DESCRIPCIONPERIODO').AsString;
      with sqverificardetalle do
      begin
        close;
        ParamByName('PINTEGRANTE').AsString := cedintegrante;
        ParamByName('PCONSTANTE').AsString := codconstante;
        ExecSQL;

        if not sqverificardetalle.IsEmpty then
        begin
          with squpdatenomina do
          begin
            ParamByName('PTIPO').AsInteger := fnmtipo;
            ParamByName('PCONSTANTE').AsString := codconstante;
            ParamByName('PINTEGRANTE').AsString := cedintegrante;
            ParamByName('PVALOR1').AsCurrency := fnmvalordefault;
            ParamByName('PVALOR2').AsCurrency := fnmvalorperiodo;
            ParamByName('PPERIODO').AsString := fnmdescripcion;
            ExecSQL;
            close;
          end
        end;

        close;
      end;
      // ShowMessage('Net');
      sqnominadetalle.Next;
    end;
  end;
Si todo está en un tiempo lógico, el problema estará en el INSERT o en UPDATE final que haces.

Finalmente, trata de traerte todo lo que necesites en el primer SELECT.
Con algo así solo deberás ver si el campo existe_integrante contiene algo o es nulo/cero y te ahorras un SQL por cada vuelta de bucle.

Código SQL [-]
select n.*,
       /* Esta parte sería lo que contiene sqverificardetalle */
       (select first 1 integrante
        from detalle
        where
        integrante = n.fnm_integrante and
        constante = n.fnm_cosntante) as existe_integrante
from a2nominadetalle n
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