El problema está en todos esos Group By que tienes. Para ver la suma total sólo te haría falta lo siguiente:
Código SQL
[-]
SELECT SUM(semanan.total) from "currentProjet.db" CurrentProject
INNER JOIN "SemanaN.DB" Semanan
ON (Semanan.Cve_proy = Currentproject.Cve_proy)
where (sem =:Nsemana)
Todos los campos que pongas en el group by irán añadiendo grupos, por ejemplo, si pones semanan.sem en el group by, lo que te hará la consulta es mostrarte las sumas de cada semana, no la suma total de todo.