Esa es una difícil...
El ámbito de los dos lenguajes es bien distinto. Si bien ambos se ejecutan (o no) sobre web, lo que debería definir su uso es el alcance de las aplicaciones a desarrollar.
PHP es "rápido y sucio"; JAVA es "pesado y completo"
Si las aplicaciones son relativamente pequeñas y de un impacto limitado, vamonos por PHP, sin pensarlo. Será más barato y más productivo.
Si por el contrario, usemos java.
De todas formas, JAVA tiene bastantes frameworks (profesionales y muy bien hechos) que devienen en estándares. El trabajo (y la experiencia) de varios años que pueden mostrarnos un lenguaje más rígido a la hora de programar, pero que paga con creces en cuanto a funcionalidad, estabilidad y seguridad. Existen librerías para practicamente todo.
Por otra parte, el PHP es ligero y es joven. Eso significa que con el tiempo, se irán creando librerías y frameworks que nos permitan realizar productos cada vez más ambiciosos. Si bien cuando buscamos en la web acerca de alguna función o cosa (específica) que necesitamos, aparecen miles de entradas, es muy poco probable que puedan interfuncionar entre ellas, o que las estructuras de datos de salida de una de esas nos sirva como entrada para la otra. Sin embargo, con el tiempo se están consolidando algunas. Ya existen el PEAR y el framwork de Zend.
Cabe aclarar que existen cosas (por el propio diseño) que el PHP nunca va a poder hacer y que el JAVA si las hace (P.e. multihilo).
Finalmente, en mi modesto entender, si debo escoger un lenguaje, prefiero hacer las cosas por exlusión: si el proyecto cuesta menos de $us. 5.000, NO emplearía JAVA; si el proyecto cuesta más de $us. 20.000, NO emplearía PHP.
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