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Creo que lo mas facil es pedir los dos archvivos Excel.
1- Lees el primero línea a línea.
2- Por cada línea buscas en el segundo archivo una línea con ese departamento.
3- Si la encuentras, haces la comparación que te pidan. Si no la encuentras informas que hay una línea que no existe en el segundo archivo Excel.
4- Finalmente buscas líneas que estén en el segundo y no en el primero, recorriendo el segundo archivo y buscando las que no estén en el primero.
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