Gracias, eso era lo que necesitaba.
Y solo para dar el resultado como se deseaba exactamente:
Código SQL
[-]
select case when A.Referencia is null then B.Referencia else A.Referencia end Referencia,
A.Importe, B.Importe
from temptableA A full outer join TempTableB B on A.Referencia=B.Referencia
Gracias
