Hola Ignacio, puedes usar el predicado Exists(para eso está concebido), te pongo un ejemplo que pudieras adecuar a tu proyecto sacado de la ayuda de SQL.
Código:
SELECT O.OrderNo, O.CustNo
FROM Orders O
WHERE EXISTS
(SELECT C.CustNo
FROM Customer C
WHERE (C.CustNo = O.CustNo))
En tu caso sería utilizar NOT EXISTS para obtener los regristros que no existen además de agregarle la condición del campo booleano que comentas.
Saludos