si le quitas el: up.proyecto = :Proyecto dices que sale bien, pues aplica el "divide y vencerás". Quita esa condición y mira que proyectos salen como resultado, despues aplica la condición, teniendo en cuenta que está negada (not in) y compara los resultados.
Puede que uno de los selects internos esté dando valores vacíos y por tanto, la condición no existe.... no sé
Suerte y saludos