Hola,
Que yo sepa tienes dos opciones al menos. Una es hacer que el archivo "*.js" sea procesado por PHP. Puedes conseguirlo desde un archivo ".htaccess" o desde el archivo de configuración de Apache, si es el Servidor Web que usas:
Código:
< Files *.js >
ForceType application/x-httpd-php
< / Files >
Entonces dentro del archivo con JavaScript ya podrías incluir código PHP, encerrándolo en sus correspondientes etiquetas: "<?php echo $variable; ?>". Otra forma es incluir el JavaScript en un archivo PHP, de forma que desde ahí se imprima. Al estar ya en un archivo PHP puedes incluir "echos" y variables tal como se menciona antes.