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Creo que aquí hay muchas cosas además de la velocidad.
¿Datos médicos?
Las normativas de protección de datos son muy estrictas con ellos. Te recomendaría ver que pide la comunidad europea o el ENS en esos casos, si hablamos de empresas españolas.
Para empezar tener juntos datos de diferentes empresas es un error. Seguro. Deben estar contenidas físicamente en diferentes lugares aunque lógicamente tengan la misma estructura.
No he usado SQL server a ese nivel, pero en Oracle definirías distintos tablespace para cada empresa, usuario o lo que decidas.
Yo no soy partidaria de cargarlo todo de una vez mi experiencia me ha demostrado que rara vez desean ver todo, todo pero todo, aunque solo sea porque es humanamente imposible hacerlo.
Además si hablas de tablas muy grandes (muchos campos) con datos pesados (imágenes, documentos adjuntos) lo mejor es hacer la carga por secciones, según lo necesites en cada pestaña o en un proceso en segundo plano que recupere la información poco a poco sin que ello dificulte el trabajo del usuario y los elementos más pesados que tenga que abrirlos el propio usuario (no la aplicación de forma automática).
Las posibilidades son muchas y un buen análisis previo te ahorrará trabajo después.
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