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como estas manejando los vectores? son dinamicos?
Intenta de verificar donde tenes el cuello de botella de consumo de tiempo. Pone contadores que te calculen el tiempo de diferentes partes.
* El tiempo total
* El tiempo de lectura del archivo
* El tiempo de creacion del vector (es un problema en vectores dinamicos grandes)
* El tiempo de llenado de los vectores
* tiempo de calculo
* etc
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[Crandel]
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