Cualquier aplicación Cliente-Servidor trabaja "en la nube". El concepto de la dichosa nube viene de los diagramas en donde el internet se representa como una nube ya que no se conoce en donde residen realmente los datos. Cuando hacemos una aplicación digamos con MySQL o FB obviamente se conecta a un servidor que puede estar en cualquier lugar (la nube famosa). Es decir, la aplicación funciona y puede mostar datos que físicamente no residen en el equipo donde se ejecuta.
Mencionas que tu aplicación no funcionó en un entorno de sucursales y servidor central. Creo que deberías revisar el diseño, lo que quieres hacer lo resuelves con FTP como dices y un servicio o bien un timer si lo quieres dentro de una aplicación que cada determinado tiempo copie todo lo que encuentre en x carpeta al servidor ftp. Te vas a ahorrar programar el servidor ftp.
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