Probablemente estas poniendo el punto de ruptura en un archivo que no pertenece al proyecto. Suele suceder cuando copias un proyecto a una nueva carpeta, al abrirlo (depende de cómo este configurado el IDE) puede mostrarte formularios de la carpeta original, aún cuando el proyecto que ejecuta es el de la nueva carpeta.
Si haces esta operación, cuando abris por primera vez la copia debes cerrar cualquier ventana de código del IDE, para asegurarte que ves (y modificas) los formularios de la copia.
Es solo una posibilidad, claro...
Hasta luego.
