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¿A qué te refieres con más seguro? No creo que ninguno de los dos sea inseguro.
MySql Administrator está descontinuado por lo que se sugiere usar Workbench, que integra el Administrator y el Query Browser.
Ahora que, en lo particular, yo sigo usando Administrator y Browser. Workbench tiene una de esas interfaces que pretenden ser modernas y sólo son pesadas y confusas. En mi opinión.
// Saludos
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