Creo que Delphi en ningun momento utiliza la API de Windows para reemplazar colores. De hecho, los estilos son bitmap-based. Al parecer esta todo implementado en la Vcl (aunque no se si con simplemente descender de TControl o TWinControl alcanza para soportar estilos) y por eso los controles de TMS no se ven afectados. Ahora, creo que TMS ofrece una alternativa de estilos para sus controles.
Por otra parte, que otro problema te presentan los estilos de Delphi. Estoy al tanto de que haya muchos bugs. Probaste con
Delphi Vcl Styles Utils?