Hay una función en Delphi, AdjustLineBreaks, que puede corregir los cambios de línea de forma que se adapten a Windows. Con ella te puedes hacer rápidamente una pequeña aplicación que tome el archivo de entrada, le ajuste las líneas y lo reescriba. Podrías incluso, hacer que el programa lea en automático de un directorio preestablecido y procese todos los archivos que ahí encuentre de manera que sólo tienes que arrojar ahí los archivos que te van llegando.
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