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Hola
Nunca he utilizado WinMysqlAdmin 1.4, pero se me ocurren algunas posibles causas:
1. Que este programa no sea compatible con innodb.
2. Que hayas copiado las tablas desde otra carpeta y no hayas copiado todos los archivos. Creo recordar que los datos de las tablas innodb se guradan en un archivo que esta en la carpeta DATA/ y no dentro de la subcarpeta de la base de datos.
3. Que los archivos estén corruptos.
A mi me pasó el caso 2 hice una copia de seguridad de una base de datos conformato innodb y cuando tiré a recuperarla resulta que no tenía nada, veía las tablas pero sin contenido, y resulto que el archivo de datos estaba en otro lado.
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