Tu mismo te estas respondiendo
Si en la configuración de las impresoras que has configurado para que el proceso de impresión sea automático lo único que tienes que hacer es si vas a imprimir una Factura tienes que decirle a QuickReport o el componente que estés utilizando que la desvíe por la impresora de Facturación.
La pregunta del millón como se hace.
Código Delphi
[-]QuickRep1.QRPrinter.PrinterIndex := Printer.Printers.IndexOf('Nombre de la impresora de Facturación');
Espero que haya servidor.
Un saludo.