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Tal vez podrías probar en estrella hacia afuera, con los nodos que tienen más enlaces en la parte central.
Pensando en programarlo, se me ocurre que aprovechando lo que tienes ahora que los dibuja en un círculo, puedes dibujarlos en varios circulos concéntricos, dejando los de más enlaces en el círculo exterior.
No se, por probar....
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