Supongo que lo que te ocurre es que tenes la ruta completa a tu base de datos, por eso te funciona solamente en la misma carpeta.
Digamos que tenes la base de datos en "C:\desarrollo\misistema\data\datos.gdb",
Podes hacer que la ruta sea relativa al abrir el sistema, digamos teniendo la base de datos solo en
".\data\datos.gdb".
No puedo decirte exactamente como porque no mencionas con que te conectas a la base de datos, ni cuales parámetros de conexión estás utilizando.
Hasta luego.