Hola PoZi, no se mucho del tema, pero podría ser que necesitaras cerrar el proceso, que tú aplicación se cierra correctamente, pero windows no se cierra porque está esperando a que se termine el procese, es posible eso?
Revisa ésta página a la que he llegado desde tú enlace alomejor te sirve.
http://msdn.microsoft.com/library/de..._a_process.asp
Saludos