Realmente no me ha quedado claro lo que quieres hacer ni a lo que te refieres con "validación", pero a ver si esto te sirve. Con un simple if en PHP dependiendo de la condición que te interese muestras el trozo de código de la "validación" en JavaScript o no:
Código PHP:
if(!$condicion){
echo '<script language="JavaScript">
<!--código de la validación-->
</script>';
}else{
echo '<script language="JavaScript">
<!--código si no te interesa que se valide-->
</script>';
}