Hola.
Realmente no visualizo el problema, por que si llamas al explorer desde tu programa ese sería el comportamiento por defecto, por ejemplo:
Código Delphi
[-]
...
begin
ShellExecute(Handle, 'open', 'c:\windows\explorer.exe','', '', SW_SHOWNORMAL);
al cerrar el explorador de windows el formulario desde donde ejecutaste la línea tomará el foco.
Si el caso fuera otro por favor describe la situación con mas detalle.
Saludos