Una pista (menos es nada): en principio, la base de datos no necesita ninguna configuración especial. Si está en la misma máquina en la que estará la aplicación puedes "cerrar" Firebird para que nadie pueda acceder directamente desde fuera y obligar a que usen la aplicación, por ejemplo.
En cuanto aa qué entregar, pues los ejecutables y las bibliotecas, supongo, junto a la documentación. Una aplicación web no tiene por qué diferenciarse de una aplicación "normal".
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