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Pues si el servidor de ambas aplicaciones sera windows local pues yo optaria por Firebird, yo la uso desde hace algunos años y es una base ya bastante madura y con lo que se viene 2.5 - 3.0 creo que tenemos para muchos años mas. ademas de ser estable, poco mantenimiento, Open. MySql lo he usado para pequeños desarrollos unicamente asi que no podria opinar mucho. Otras opciones serian el Oracle express o el SQL Server Express. tienen sus limitantes pero aun asi tienen muy buena pinta.
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