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En si la diferencia no es tanto la velocidad de comunicación que tenga una u otra, sino que más bien su funcionalidad es distinta.
Las AGP (Advanced Graphics Port) se utilizaron más para tarjetas de video aceleradoras y las PCI (Peripheral Component Interconnect) para muchos tipos de tarjetas, pero eso fue hace muuuuuchos años. Ahora el estandar creo son las PCI-Express, incluso las nuevas tarjetas de video viene para PCI-Express
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