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Me imagino que cada programador tiene su método propio, en mi caso por el tamaño de la base de datos inicial y por contener reportes en formato binario junto con el instalador se incluye un respaldo de la base de datos con la cual iniciar, en mi caso esto es mas facil porque los usuarios finales son empresas grandes que generalmente tienen departamento de sistemas en el cual apoyarse para restaurar el respaldo.
Conozco también casos donde se opta por crear desde cero la base de datos, instaladores como el installshield tienen la opción de incluir los scripts para crear la base de datos desde el instalador.
Si no estas usando un instalador podrías optar por agregar el script junto con el instalador de tu sistema y ejecutarlo en la primera vez que se inicie tu aplicación, como te digo todo depende de que sea mas fácil para ti.
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