En las FAQ de la Web de Inno Setup se comenta que la comprobación que quieres realizar es recomendable hacerla mediante un Script (en Pascal) en el propio Inno Setup.
Te remite a la sección Scripting de la documentación de Inno Setup.
http://www.jrsoftware.org/isfaq.php#conditional
Por cierto ¿ te has instalado las Inno Setup Tools ?, aunque no te ayuden en este problema concreto, es una utilidad muy buena para no tener que realizar a mano los archivos de Inno Setup. (lo encontrarás en la sección Third Party Files de la Web de Inno Setup).
Saludos.