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Como te he comentado antes, el tamaño de la base de datos cuando se está usando, aumenta por las transacciones, da igual que hagas commit, eso sólo sirve para "confirmar" la grabación, pero las transacciones se han hecho y se quedan almacenadas aunque no sirve ya para nada.
Pero como también te he comentado antes, no influye para nada en el rendimiento de la misma.
Necesitaría muchos más datos para darte un diagnóstico, pero si ese proceso que comentas inserta muchísimos registros, entonces puede que los índices queden "desbalanceados", se soluciona desactivándolos y volviendo a activarlos o haciendo un backup y restore.
También puede ser un cúmulo de circusntancias, por ejemplo: windows, disco duro "lento", disco muy lleno, etc. tras hacer muchas entradas de datos puede quedar la base de datos muy fragmentada, dispersa por todo el disco.
En fin, pueden ser varios factores o la suma de algunos de ellos.
Y, vuelvo a repetir, el tamaño de la base de datos no es un factor importante para el rendimiento.
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