echale un vistazo a esto, yo he probado este ejemplo y me sobreescribe el fichero que bajo sin problema:
http://www.trucomania.org/trucomania...opic.php?t=270
no estoy seguro pero quizas te falta esto
IdFTP1.BeginWork(wmRead);
.......
IdFTP1.EndWork(wmRead);
para cuando subes archivos lo mismo pero con
IdFTP1.BeginWork(wmWrite);
......
IdFTP1.EndWork(wmWrite);