Bueno pues como no sé muy bien cual es la estructura te haré algunos comentarios:
cd\ //Esta instrucción Sobra pues con la inferior haces exactamente lo mismo.
cd \pcraster\apps //ubicacion del ejecutable
pcrshell // ejecutable desde la carpeta en que está ubicado
cd\modelohidrologico\mapas\mapasfinal //Esta línea se ejecuta despues de que se sale del ejecutable por lo tanto no tiene ningún efecto.
Es problable que el ejecutable:
1º.- Se configure con una ruta determinada para sus datos, lo cual entoncés se haría mediante sus opciones de configuración.
2º.- Que haya que pasarle algún parámetro indicándolo.
3º.- Que haya que ejecutarlo desde la carpeta que contiene los datos.
Si fuera éste útlimo el caso.....
Código:
cd \pcraster\apps
\pcraster\apps\pcrshell
Un Saludo.